El juego inicia con Kratos de pie junto a un árbol y después de acercarse a este, lo tala y se lo lleva junto Atreus a su casa.

Atreus y Kratos entran a la casa y se despiden de Faye, la cual esta envuelta con una especie de tela y Kratos la carga hacia los troncos apilados, la pone sobre ellos y con el hacha enciende la madera para comenzar con la cremación. Esta, había pedido como último deseo que esparzan sus cenizas sobre la cima de la montaña más alta de todos los reinos.

Cuando la cremación está completa, son estremecidos por un extraño ruido y alguien llama a la puerta.

Kratos esconde a Atreus debajo de una trampilla oculta bajo una alfombra, diciendole que no salga, procediendo a dar cara a este misterioso extraño quien dice saber "Quién es y lo que es" Kratos. Este advierte al individuo y pide que se marche pero termina tornándose agresivo y desata una serie golpes sobre la cara del espartano, que mantiene el control para finalmente devolverle el golpe, desatando una batalla donde el oponente es altamente resistente y parece no presentar ningún tipo de dolor, a la vez que se regenera rápidamente de sus heridas.

Luego de una pesada batalla, el espartano sale victorioso aparentemente matando al extraño, rompiéndole el cuello y lanzándolo por un acantilado.

Kratos comienza a preguntarse cómo fueron encontrados, como aquel hombre lo conocía y si realmente están a salvo. A pesar de firmemente creer que Atreus no está listo, ya no teniendo otra opción y sabiendo que su hogar no es seguro, decide que deben abandonar su casa, siendo momento de comenzar el viaje para esparcir las cenizas de Faye.

Llegado un punto de su viaje, logran observar que el hechizo que Faye había puesto alrededor de su casa que impedía que les encuentren, estaba perdiendo efecto, comenzando a desaparecer, explicando cómo logró el extraño llegar hasta su hogar.

Siguiendo adelante con el viaje, se topan con Brok, uno de los dos hermanos herreros que forjaron el Mjölnir, así como el hacha de Leviatán que lleva Kratos, siendo el otro hermano Sindri, pero por asuntos personales estos se han distanciado.

Kratos pierde de vista a Atreus, hasta reencontrarse poco tiempo después en el patio de la casa de una bruja, ésta les invita a su casa, el niño pide disculpas por herir a su javalí, a lo que la mujer acepta. Ella siente la divinidad de Kratos y Atreus, por lo que decide ayudarles a encontrar un camino, así que les otorga una brújula mágica.

Los protagonistas llegan a un lago donde encuentran una estatua de Thor, la cual exige un sacrificio tirando sus armas al lago, Kratos lanza el hacha, para luego emerger de las profundidades del lago Jörmungandr, la serpiente del mundo, causando que descienda el nivel del agua, dando lugar a un montón de áreas que se encontraban ocultas debajo del lago. Esta le devuelve su hacha la cual imbuye en Eitr, para luego posicionarse alrededor del lago.

En el centro del lago, se halla el Templo de Tyr el cual tiene la sala de acceso a los reinos, que permite viajar entre ellos con el uso de un Bifröst.

A su vez, Brok tiene su taller en la parte superior donde trabaja. El enano le otorga a Kratos una piedra especial que permite hacer uso del reino entre reinos para viajar a distintos puntos del mundo.

Retomando el viaje, llegan a la ladera de la montaña donde conocen a Sindri, hermano de Brok quien se sorprende al ver el hacha de Leviatán en posesión de Kratos, afirmando que ellos la forjaron para Faye. Kratos le cuenta lo sucedido y el enano lamenta la muerte de Faye, puesto que realmente le tenían un gran aprecio.

Más adelante, se encuentran un misterioso humo negro que impide el paso, cuando de pronto llega la bruja del bosque diciendo que les será imposible pasar, siendo lo unico que puede deshacerla es la luz de Alfheim, así que deberán viajar allí, usando un Bifröst que ella les da; les advierte que tiene energía para un solo viaje, por lo tanto, tienen que llevarlo hasta la luz de Alfheim para llenarlo de vuelta con su luz y dispersar el humo.

Ella los ayuda a reestablecer el templo de tyr para que funcione y viajar a dicho reino, utilizan el artefacto recibido e inicia el mecanismo para ir a Alfheim.

Al abrirse paso por el reino, se dan cuenta de que el lugar esta en medio de una guerra entre los elfos claros y oscuros por el dominio de la luz, cosa que no les hace tan facil el camino a su destino.

Finalmente, los protagonistas llegan a destino, y Kratos se mete dentro de la luz, para encontrarse dentro de una especie de ilusión, hasta que Atreus devuelve. El niño habia pasado horas solo, enfrentándose a los elfos agresivos, cuando para Kratos solo fueron unos segundos.

Con la luz ya canalizada en el artefacto, y obtenidas unas flechas especiales impregnadas con esta, están listos para volver a Midgard, entonces salen del templo y suben a un bote dispuestos a volver a la sala entre reinos.

Ya en Midgard, vuelven al humo negro que impedía el paso, utilizando la luz para atrevesar el camino, listos para comenzar el ascenso.

Los dos avanzan hasta encontrar un tipo de elevador averiado que deben reparar para ascender a la cima. Una vez arreglado, lo utilizan, cuando a poco de llegar a destino, un dragón eléctrico llamado Hræzlyr hace acto de presencia, destruyendo el transporte viéndose obligados a continuar el trayecto faltante hasta la cima.

Poco tiempo después, encuentran a Sindri cubriéndose detrás de unas rocas ya que el dragón le está atacando, por lo que Atreus convence a su padre de ayudarlo, enfrentándose a la bestia. Como agradecimiento, el enano regala al niño unas flechas de muérdago y un hechizo para las flechas de Atreus que le permiten electrificar.

En la cima notan la presencia de gente, era aquel extraño que invadió su casa, esta vez acompañado de dos individuos más, interrogando a alguien sobre donde se encuentran Kratos y Atreus, dandose cuenta con el pasar de la conversación de que este extraño es el mismísimo Baldur, acompañado de sus sobrinos Magni y Modi, hijos de Thor.

Una vez que los dioses se marcharon, Kratos y Atreus suben finalmente a la cima, para hablar con el hombre que había sido interrogado.

Este se presenta como Mimir el hombre más sabio de todos los reinos, sin embargo, realmente aún no sabe porque los Aesir buscan a Kratos y su hijo. En eso Atreus le comenta que se encuentran allí porque buscan cumplir el deseo de su madre fallecida, el cual es esparcir las cenizas en el pico mas alto de todos los reinos, a lo que por desgracia, Mimir les dice que están errados, debido a que el pico más alto de todos los reinos está en Jotunheim el reino de los gigantes, no en Midgard.

El hombre cuenta que la puerta de acceso desapareció hace años de un momento a otro y que nunca se volvió a saber de ella. Mimir se ve dispuesto en ayudarles en su jornada, afirmando que puede encontrar como llevarlos allí, utilizando una entrada especial que se encuentra detrás de ellos en la cima, la cual con los elementos necesarios puede usarse para viajar a dicho reino.

Por desgracia fue maldecido por Odín de tal forma que pueda jamás salir de ese árbol, por lo que se le ocurre una idea. Les pide que corten su cabeza y que se la lleven a alguien con conocimientos mágicos que sea capaz de reanimarla para así poder ayudarlos, comentando el espartano que conocieron a una bruja con tales habilidades y que será de ayuda.

Antes de cortarle la cabeza, Mimir le confiesa en secreto a Kratos que sabe que ambos son dioses, que él no es de tierras nórdicas, y que por lo que parece el niño no lo sabe, aconsejando que le diga la verdad antes de que sea demasiado tarde. Kratos le corta la cabeza, y comienzan a dirigirse nuevamente hacia la casa de la bruja.

Una vez en casa de la bruja, Kratos le pide que reviva la cabeza de Mimir, aceptando solamente por ellos, ya que no se lleva bien con él.

Se pone en marcha el proceso y logran revivir la cabeza, solo para que al "despertar" el hombre reconozca a la bruja como Freya la diosa vanir, disgustada ella hacia él por verlo, debido a conflictos del pasado.

Después de esto, Mimir pide que lo lleven al puente del templo de tyr, donde se encuentra un gran cuerno, necesario para así llamar a Jormungandr y así preguntarle cómo viajar a Jötumheim.

Ya en el lugar, la cabeza convoca a la serpiente. Luego de preguntarle, averiguan que lo que se necesita para viajar son dos cosas: un cincel especial para tallar la runa en la puerta mágica de la cima, y la runa especial de viaje.

Una vez encuentran el cincel, Kratos lo consigue tras una demostración de fuerza tras derrotar a Magni y Modi quienes los estaban buscando.

Después de esto el niño comienza a estar mal debido a que su enfermedad comienza a volver, la cual está relacionada a que reprime su naturaleza de dios por no saberlo, pero insiste en estar bien, por lo tanto toman el cincel listos para ir por la runa de viaje.

Se dirigen al templo de tyr, donde con el cincel previamente obtenido logran abrir una cámara oculta donde podrán encontrar la runa, pero aparece Modi logrando despertar las habilidades divinas de Atreus, que cayó desmayado. Kratos logra salvar la situación hiriendo a Modi y haciendo que huya.

Atreus está en un estado muy crítico, por lo que sin opción y por consejo de Mimir, decide llevarlo con Freya. Ella le dice a Kratos que la divinidad de Atreus es reprimida, debiendo contar la verdad de lo que realmente es luego de sanarlo o si no podría empeorar o incluso morir.

El ingrediente principal necesario para la cura es el corazón del guardián del puente de Helheim, debiendo viajar allí donde su hacha no es efectiva. Es en ese entonces cuando Kratos sabe que debe ir a casa a "desenterrar el pasado", recuperando las Espadas del Caosque, siendo necesarias para salvar a su hijo.

Ya en el reino de los muertos, después de un duro recorrido, enfrenta y derrota al guardián mencionado y toma su corazón, para luego observar la sombra de Zeus llamándolo del más allá, diciéndole Mimir que el reino se caracteriza por atormentar con visiones a los que se ubican allí.

Tomado el ingrediente procede a volver a Midgard, entendiendo Mimir en el trayecto que Kratos es el fantasma de Esparta y que necesita más que nunca contarle su naturaleza a Atreus. Ya en casa de Freya, el niño es curado.

Retomando el viaje deben volver al templo para buscar la runa negra, Kratos le cuenta a Atreus su naturaleza divina, a lo que el niño se sorprende y gradualmente comienza a subirsele a la cabeza. Ya en el templo de tyr dentro de la cámara oculta, terminan consiguiendo la runa.

Con todos los elementos necesarios, están dispuestos a volver a la cima de la montaña para viajar al reino de los gigantes, pero cada vez Atreus se torna más arrogante llegando incluso a deshonrar a su madre hablando despectivamente de ella.

Al llegar a la puerta de la montaña, encuentran a un malherido Modi, que provoca nuevamente al niño, éste cegado de arrogancia e ira, asesina a Modi en contra de los deseos de su padre.

Cuando llegan a la cima, utilizan el cincel y colocan la runa para abrir el paso a Jötunheim, pero de repente aparece Baldur, rompiendo la puerta que hasta donde se conoce es el único modo de llegar ahí. Atreus en un momento de ira y capricho, dispara a Kratos dejándolo inmovilizado para así pelear con Baldur, el niño pierde y Kratos se libera, dirigiéndose a la sala de viaje entre reinos, donde el inmortal iba a escapar con el niño, activando por accidente el mecanismo, viajando a Helheim nuevamente, quedando varados allí y perdiendo el rastro de Baldur.

Nuevamente en este reino, Kratos debe reunirse con el niño debido a que cayeron en puntos distintos. Al salvarlo, lo regaña seriamente, comenzando el niño a recapacitar sus acciones, volviendo a tener control y respeto hacia su padre.

Luego de esto, se dan cuenta de que están en el lugar más peligroso de Helheim, terminan topándose con Baldur, y observan una visión que lo atormenta, enterándose que este es hijo de Freya y que ella lo maldijo para que nunca pudiera sentir dolor, debido a una profecía que dictaba que él iba a morir, pero sacrificando también con esto que nunca volvería a sentir nada. Este fue el causante de que el dios le tenga un gran rencor a su madre.

Logran llegar hacia un barco que puede devolverlos a la parte "segura" de Helheim, haciéndolo funcionar para que este pueda volar, cuando a poco del destino aparece una ilusión del momento en que Kratos mata a Zeus, dejando a Kratos en shock porque no quería que Atreus lo viera así, aunque al niño no le importa puesto que están por estrellarse y deben saltar del barco, cayendo en un aposento oculto de Odín.

Allí dentro, descubren que existe un camino alternativo para llegar a Jötunheim, gracias a un santuario con un plano secreto, que solo quienes tienen la visión otorgada por los gigantes podían ver, como Tyr o Mimir, indicando que se necesita una llave para abrir una cámara oculta en el templo de tyr, mostrando también cómo fabricarla, por lo que deciden preguntarle a Brok si puede fabricarla.

Vuelven a Midgard y los dos enanos reconciliados forjan la llave.

Mediante un largo proceso, lograron voltear el templo de Tyr entero, que parece ser que fue diseñado para eso, y logran alcanzar el objeto que era la piedra de la unidad, un legendario objeto que se creía mito, el cual Tyr uso para viajar entre reinos y a otras tierras.

Kratos y Atreus van al reino entre reinos, hacia el precipicio, y se lanzan, haciendo efecto la piedra, protegiendolos y logrando llegar a un área donde se hallaba oculta la torre de Jötunheim que hacía tanto tiempo había desaparecido. Utilizando la piedra, logran que esta ascienda y se coloque nuevamente en el lago de los nueve, lista para ser usada y viajar al reino de los gigantes.

Sin embargo, no podía ser tan fácil, ya que Tyr hizo que se necesite canalizar la energía del viaje con cristales especiales para poder ir al reino y no solo la energía de la sala de reinos. Sus ojos eran la clave, estos se encontraban en la estatua de Thor que Jörmungandr se había comido, por lo que entraron en el interior de la serpiente y los recuperaron.

Cuando intentan salir del interior de Jörmungandr, aparece Baldur y comienza una batalla con Kratos, quien intenta detener que asesine a su madre.

Comiezan el combate mientras Freya utiliza su magia para detenerlos, puesto que no quiere que hieran a su hijo. En eso la bruja inmoviliza a Kratos y Atreus, al intentar salvarlo, le clava una flecha de muérdago accidentalmente a Baldur.

Baldur comienza a exaltarse ya que esto provoca que el hechizo de su madre se anule y por primera vez en tantos años puede sentir de nuevo, a la vez que ya no es inmortal. Freya se posiciona del lado de su hijo, reviviendo al gigante Thamur, por lo que Atreus contesta llamando a la serpiente de Midgard.

Un debilitado Baldur cae al suelo, Freya víctima de la culpa se quiere dejar ahorcar por su hijo, pero Kratos lo detiene y mata al dios Aesir. La diosa vanir, llena de ira promete y jura vengarse del espartano y hacerlo pasar por un infierno, enunciando que el niño no sabe "quién es" él, a lo que finalmente, Kratos le cuenta a su hijo que proviene de una tierra llamada Esparta, donde asesinó a muchos que lo merecían y otros que no, incluído su padre.

Atreus decepcionado pregunta si eso es ser un dios, todos envueltos en venganza, en un ciclo que no acaba. Kratos toma a su hijo y le dice que no, que ellos serán los dioses que decidan ser y que pueden ser mejores. Freya se marcha del lugar con el cadáver de su hijo en sus brazos, y los protagonistas listos para por fin viajar a su destino.

Por último, ambos se dirigen a esparcir las cenizas, Atreus dice que él hará el honor, adelantándose a su padre, viendo este último detrás de una tela, una última profecía donde se le ve a él muerto sobre los brazos de su hijo, pareciendo que este le ha asesinado. De vuelta en su objetivo, suben hacia el punto más alto de todos los reinos para finalmente esparcir las cenizas de Faye, llamando por primera vez "Hijo" a Atreus, culminando en un momento emotivo, habiendo concluido la jornada y entrelazando un fuerte vínculo entre los dos durante todo el viaje.